Synaptic jest graficznym programem do instalowania pakietów (czyli programów i nie tylko) wraz z zależnościami. Ostatnio w Ubuntu i pochodnych (m.in Kubuntu) nie jest zamieszczony, zastępuje go Centrum Oprogramowania Ubuntu gdzie można wyszukiwać potrzebne programy według kategorii co jest znacznie łatwiejsze dla użytkownika. Nie wiem jaki plik .jar usiłujesz uruchomić, podpowiedz co to jest to postaram się to sprawdzić i wtedy będę mógł ci odpowiedzieć. Ostatni raz miałem kontakt z plikami .jar na telefonie Sony Ericsson, obecnie nie widzę potrzeby używania takich plików. Pozdrawiam.