Takie pojęcie jak "system komputera" nie istnieje. Możemy mówić o systemie komputerowym (z definicji: komputer + oprogramowanie) lub systemie operacyjnym (i ten "system komputera", to jakiś rzadko spotykany, żargonowy synonim systemu operacyjnego). Jest jeszcze BIOS/EFI, ale to jest raczej tzw. firmware, oprogramowanie wbudowane (nie odważę się tutaj użyć terminu "system wbudowany", bo znam parę osób, które by mnie za to zdzieliły po łbie

).
Ta kwestia jest dość ciekawa, bo z jednej strony programy rozruchowe należą do systemów operacyjnych, a z drugiej strony nie. Program rozruchowy przeważnie dzieli się na parę (najmniej trzy) części:
- obraz stage1 - mały programik ok. 448 bajtów rozmiaru umieszczany w MBR i uruchamiany przez BIOS;
- obraz stage1.5 - opcjonalne i zależy od programu rozruchowego, przeważnie umieszczony jest w paru pierwszych sektorach dysku twardego (wolna przestrzeń między MBR a początkiem pierwszej partycji);
- obraz stage2 - większy programik, który wczytywany jest do pamięci przez stage1 i który odpowiedzialny jest na wczytanie do pamięci i uruchomienie systemu operacyjnego;
- narzędzia konfiguracyjne/instalacyjne - jak nazwa wskazuje służą do konfiguracji i instalacji;
I tutaj jest myk: stage1, stage1.5 i stage2 są niezależne od systemu operacyjnego i formalnie do niego nie należą, ale to one (a właściwie tylko stage2) odczytują informacje z partycji /boot. Dodatkowe narzędzia są już pod kontrolą systemu operacyjnego. Typowy przebieg:
- firmware (BIOS, EFI, whatever) uruchamia stage1 (czyli to, co najdzie w MBR);
- stage1 wczytuje i uruchamia stage1.5, które jest bardziej rozbudowane (obsługa systemu plików) i może wczytać i uruchomić stage2 bezpośrednio z systemu plików, albo w przypadku braku stage1.5...
- stage1 wczytuje i uruchamia stage2 (który jest przeważnie w ściśle określonym miejscy, aby dało go radę zlokalizować i wczytać za pomocą ograniczonego w rozmiarze stage1);
- stage2 wczytuje i uruchamia system (teoretycznie stage2 nie ma już ograniczenia na rozmiar, dlatego może zrealizować wiele skomplikowanych czynności);
Co do tej sytuacji z różnymi systemami, to musiałbyś napisać jak to wyglądało szczegółowo, bo w zależności od reinstalowanego systemu mogły się wydarzyć różne rzeczy:
- reinstalka Windows - nadpisany MBR;
- reinstalka Linuksa - wykrycie istniejącej już partycji /boot i próba automatycznej edycji wpisów (co mogło doprowadzić do opisanej przez Ciebie sytuacji, szczególnie Ubuntu, Debian i pochodne, oparte na tych samych instalatorach, to uwielbiają) albo utworzenie kolejnej partycji /boot dla instalowanej dystrybucji i znowu nadpisanie MBR innym programem rozruchowym;
- reinstalka Mac OS X - tego nie będę opisywał, bo nawet najprostszy opis wydłuży niemiłosiernie tego i tak już długiego posta;
Jednak z opisywanej przez Ciebie sytuacji wnioskuję, że to była reinstalacja Linuksa i na dysku były co najmniej 2 różne dystrybucje (w przypadku jednej po prostu wystarczy zaorać partycję /boot i pozwolić, żeby instalator systemu operacyjnego uruchomił program konfiguracyjny programu rozruchowego).
Swoją drogą proces rozruchowy to ciekawe zagadnienie, jeżeli ktoś się mocno interesuje Linuksem pod kątem jego budowy, a nie tylko użytkowania i konfiguracji. Jeżeli ktoś chce wiedzieć więcej na temat jak faktycznie działa Wasz system, to lektury w Internecie jest sporo (osobiście zachęcam):
-
http://en.wikipedia.org/wiki/GNU_GRUB#Boot_process
-
http://www.ibm.com/developerworks/linux/library/l-linuxboot/
PS. @Pavroo, chyba mam pomysł na kolejny artykuł.

EDIT: Wybaczcie, niezły tasiemiec mi wyszedł.
