Nie do końca zrozumiałem problem, który opisujesz. Domyślam się, że chodzi ci o skróty do programów umieszczane w katalogach na pulpicie. W tym przypadku używanie poleceń "kopiuj-wklej" lub "wytnij-przenieś" może być niewłaściwa dla niektórych aplikacji. Generalnie w tym celu powinno się korzystać z komendy "nowe dowiązanie" z menu kontekstowego w managerze plików, wskazując odpowiedni aktywator. Aktywatory (pliki uruchamiające program) znajdują się w katalogach /usr/bin, /usr/sbin, /usr/share/applications, /usr/share/bin. Wiele tu zależy od dystrybucji i środowiska graficznego. Nie znam Unity z Ubuntu bo nie używam ale powinna być dostępna opcja tworzenia nowych skrótów do programów choćby z poziomu menu programów lub dasha.