@Sledzik - nieco mało zrozumiały opis tego co usiłujesz zrobić. Jeśli dobrze rozumiem, to startujesz z jakiegoś nośnika instalacyjnego Windows, ale komputer i tak uruchamia GRUB, czyli startuje z HDD. Możliwe przyczyny to, albo źle został przygotowany nośnik z Windows, albo przez komputer ten nośnik jest wykrywany jako bootujący dopiero po HDD. W pierwszym przypadku - przygotuj prawidłowy nośnik. W drugim - zmień kolejność bootowania w BIOS, bądź jeśli masz taką możliwość, wskaż przy starcie nośnik, z którego nastąpić ma bootowanie.