Wiem na jakim jestem forum 
Pozwolę się nie zgodzić, albowiem problem jaki Ciebie dotknął
dotyczy Windows a nie linuksa, podczas gdy forum jest linuksowe. Może tu nie być żadnego użytkownika korzystającego z Windows, a nadal się dopytujesz o rozwiązanie problemu tego systemu.
Pierwsze najważniejsze zagadnienie to jak pozbyc sie linuxa !
Sformatować pendrive'a. Serio - pozbędziesz się linuksa, ale problem leżący po stronie Windows nadal pozostanie. Ba, jeśli dokonasz tego z obu pendrive'ami, to nie odpalisz już Windows, chyba, że z jakiejś płyty serwisowej, zachowanego obrazu Windows, partycji recovery, płyty instalacyjnej (może), itp - co tam masz.
Druga sprawa to pisałem dwukrotnie - nie robiłem instalacji typu dualboot , nie chciałem obok windowsa i tak zaznaczałem,więc tym większe zaskoczenie że się pojawiło.
Pierwsza sprawa:
absolutnie nikt tutaj oprócz Ciebie nie wie co robiłeś i jak przeprowadziłeś tę instalację. Można się wyłącznie domyślać, a to jest zły doradca. Istnieje jakieś przypuszczenie, że być może ustawiłeś sobie bootloadera na którymś z pendrive. Być może - bo nie wiem - Elementary startujące z liveiso umożliwia również odpalenie Windows z HDD.
Jedno co zrobiłeś na 100% - usunąłeś windowsowego bootloadera.
Porady dla Windows się kłaniają i dla niego rozwiązania. Z pomocą jakiegokolwiek programu linuksowego nie przywrócisz bootloadera Windows (możesz ewentualnie zastosować inny, ale nie windowsowy), albowiem żaden program linuksowy nie oferuje windowsowego bootloadera. Możesz to zrobić
tylko i wyłącznie używając narzędzi windowsowych.
