Zasada jest prosta. W pierwszej kolejności sprawdź jaki pakiet jest właścicielem pliku (możesz też zobaczyć jaki jest właścicielem katalogu), który znajduje się już w systemie i w zależności od uzyskanej odpowiedzi postępujesz prawidłowo. Czyli:
pacman -Qo ścieżka/do/pliku
i w przypadku, gdy:
1. żadna paczka nie jest właścicielem tych plików (katalogu), wówczas albo kasujesz te pliki przed aktualizacją, albo wymuszasz na pacmanie, by zainstalował coś pomimo tego, że napotyka ten sam plik, który właśnie chce zainstalować,
2. jeśli jakaś paczka jest ich właścicielem, wówczas musisz ocenić, czy chcesz ją zachować, czy nie; zasadniczo taka sytuacja może wystąpić albo, gdy masz paczki z AUR (lub innego nieoficjalnego źródła), albo jeśli dokonałeś jakiejś częściowej aktualizacji.
Polecenie pacman -Syyu paczka
nic Ci nie da, albowiem zwróci ten sam błąd, który widzisz.