Widzisz przed komendą znaczek "#"? To oznacza, że polecenie ma zostać uruchomione na prawach roota (obojętne w jaki sposób, może być i sudo)
Usługa przestanie wówczas działać od następnego startu systemu. Jeśli chcesz by nastąpiło to w danej sesji:
# systemctl stop clamav-daemon && systemctl disable clamav-daemon
od wykonania powyższego usługa przestaje działać i jest wyłączona przy następnym starcie systemu.
Freshclam pozostawiam Twojej dyspozycji. To jest "jednorazowa" usługa, która - w zależności od systemu albo uruchamia się przy każdym starcie, albo co pewien czas itp. Podczas pracy komputera nie działa w sposób stały.
Jeśli chodzi o clamav działający cały czas. Pomijam, czy to jest rozwiązanie sensowne, czy nie dla desktopu, to w zależności od ustawień clamav (samego programu, nie usługi), może, ale nie musi powodować obciążenia CPU/GPU. Rozsądnie poukładane nie powinno mieć dużego narzutu. I nie - nie podam Ci przepisu na "rozsądne poukładanie", albowiem jest to zależne od danego systemu i sposobu wykorzystywania komputera.
A w ogóle, to warto - jak zawsze - zajrzeć do źródeł: https://help.ubuntu.com/community/ClamAV