Chyba rozumiem:
/ - SSD
/home - HDD (sda,sdb,sdc)
- pozostaje boot i swap wg upodobań (ja akurat nie nie wydrębiam boot-a, a swap mam na SSD - hibernację mam szybko, SSD używam ponad 2 lata i smart nic złego nie wykazuje)
Mam podobną konfigurację, tylko pod Debianem i lvm2 (z tym, że dwa HDD, nie trzy). Pod Debianem to relatywnie łatwe (nawet w czasie instalacji). Gentoo nie znam. Zasadniczo startując z LiveCD, doinstalowując stosowne pakiety, można odpowiednio skonfigurowć dysk i przeprowadzić instalację. Tu jest taki przykład pod Ubuntu :-)
https://www.debuntu.org/how-to-install-ubuntu-on-lvm-partitions/