Co jest lepsze lub łatwiejsze w obsłudze ?
Proton jest forkiem Wine, więc nie sądzę, że jest to pytanie co łatwiejsze w obsłudze, tylko które lepsze w jakim zastosowaniu.
Proton jest tworzony typowo pod kątem gier, więc użycie go do odpalania np. programów Windowsowych jest dla mnie trochę przerostem formy nad treścią.
W tym celu pewnie użyłbym czystego Wine'a (ten zresztą chyba dostaje też jakieś łatki od Valve i tak).