Najlepszy, typowy dwupanelowy, to wg mnie Krusader, ale lekko mija się z celem instalowanie go w środowisku, które nie jest oparte o Qt5 (przynajmniej) lub po prostu nie jest to KDE, bo pociągnie sporo zależności. Jeśli to jednak nie jest problem - wypróbuj. Drugi, jaki mi przychodzi do głowy to Double Commander (https://doublecmd.sourceforge.io/
), który da się zbudować w taki sposób, że do wyświetlania wykorzystać może zarówno Qt, jak i Gtk. Oczywiście funkcjonalność typu 2 okna dają też niektóre inne menedżery (np. mogę tak mieć w używanym przeze mnie Dolphin).
Jeśli chodzi zaś o Twoje wymagania, to przypisanie aplikacji do określonego rodzaju plików, zwykle odbywa się w innym miejscu. Najczęściej bywa taka możliwość w samym środowisku. Można do tego zaprząc xdg.