Zasadniczo nie powinno być problemów. W trakcie instalowania (lub po zainstalowaniu) linuxa (najlepiej razem z bootsektorem) na dysku zewnętrznym trzeba utworzyć partycję służącą do wymiany danych w takim formacie, by był zrozumiały dla wszystkich systemów, między którymi te dane będziesz przenosić. Tę partycję możesz utworzyć w trakcie instalacji linuxa lub po jej przeprowadzeniu (wtedy musisz skorzystać z jakiegoś LiveCD i zabiera to więcej czasu, bo zwykle trzeba "skracać" partycje z zainstalowanym systemem).
Takie rozwiązania praktykowałem na różnych linuksach, niestety nie na Raspberry Pi.
Zgodnie z wieloma informacjami o dyskach SSD, nie nadają się za bardzo do długotrwałego (wielomiesięcznego? wieloletniego?) przechowywania danych, gdyż po odłączeniu zasilania ich komórki przechowujące dane nie są odświeżane:
https://www.elektroda.pl/rtvforum/topic3073943.html
Mnie takie zjawisko na razie nie dotknęło.