W sytuacji, gdy jest menadżer aktualizacji, to zwykle bezpieczniej jest stosować właśnie jego, zamiast poleceń terminalowych. Kiedyś w Mincie (ale nie LMDE) porównywałem jakie aktualizacje chce zainstalować menadżer aktualizacji, a jakie polecenie apt-get update. W menadżerze wiele z tych aktualizacji było zaznaczone jako "ryzykowne" (było tam chyba z 5 poziomów "ryzyka instalacji", tzn. stopnia zagrożenia lub też nie dla stabilności systemu). Można było zaznaczyć poziomy, które menadżer bierze pod uwagę w czasie aktualizacji.